Publié le 30 septembre 2020

Le 17 sep­tem­bre 2020 l’Hôpital Foch organ­i­sait à l’amphithéâtre Cheva­lier, une con­férence sur la Covid-19 

2 grandes caté­gories de tests :

  1. Détec­tion du virus au moment du prélève­ment (test PCR et test antigénique) : le malade est-il con­tagieux ?
  2. Le patient a été en con­tact avec le virus (test sérologique) : per­met de dater la mal­adie, mal­adie récente, IgM (au min­i­mum 5–7 jours) à plusieurs mois, IgG (sujet « guéri »).

La PCR :

Out­il util­isé depuis plus de 30 ans dans les lab­o­ra­toires de biolo­gie (virus, bac­téries, tests géné­tiques…).

Ce test per­met de met­tre en évi­dence que l’individu est por­teur du virus, au moment du prélève­ment

  • Très sen­si­ble, car on ampli­fie le matériel géné­tique du virus,
  • Spé­ci­fique : ampli­fi­ca­tion de 2 ou 3 par­ties du génome du SARS-Cov­‑2.

Les caus­es de « faux négat­ifs » de la PCR :

  1. La qual­ité du prélève­ment naso-pharyn­gé (PNP) 
  2. Le délai entre la con­t­a­m­i­na­tion et le prélève­ment, quand est-ce que l’on peut détecter le virus chez le patient ? C’est à par­tir de 48 heures avant l’apparition des signes clin­iques que l’on com­mence à avoir une quan­tité d’ARN viral et cela dure une quin­zaine de jours (l’excrétion peut néan­moins être très pro­longée chez cer­tains patients).

Les tests sali­vaires peu­vent-ils être une alter­na­tive au PNP ?

Les prélève­ments sali­vaires ont fait l’objet d’un nom­bre impor­tant de pub­li­ca­tions qui mon­trent une  fia­bil­ité très vari­able. Une des raisons est qu’il existe plusieurs façons de prélever la salive et que les études qui ont observé une bonne sen­si­bil­ité par rap­port au PNP la prélèvent par des méth­odes jugées dif­fi­ciles ou impos­si­bles à appli­quer en pra­tique.

Depuis le ven­dre­di 18 sep­tem­bre, la Haute Autorité de San­té (HAS) a ren­du un avis favor­able à leur util­i­sa­tion, seule­ment chez les patients symp­to­ma­tiques, qui sup­por­t­ent mal le PNP. La HAS pré­conise de réserv­er ce type de prélève­ment aux per­son­nes âgées ou aux enfants. Les autres instances (CPAM, cen­tres de référence) ne se sont pas encore pronon­cées sur leur intérêt, ni n’ont fait de recom­man­da­tions quant au type de matériel fiable pour le prélève­ment. Il ne faut pas oubli­er qu’ensuite la recherche du virus se fait par PCR.

Les tests antigéniques pour le dépistage de masse

Tests autorisés par le min­istre en fonc­tion des pri­or­ités et des stocks disponibles. Ne pas utilis­er ce test pour les patients à risques.

  • Dépistage en masse des pop­u­la­tions à faible pré­va­lence (pour les bar­nums)
  • Sen­si­bil­ité < PCR : 92 %
  • Spé­ci­ficité : 93,5  %
  • Tout test posi­tif doit être con­trôlé par PCR (recom­man­da­tion ARS)

Indi­ca­tions pour ces tests : étu­di­ants dans les uni­ver­sités (90% Négatif), aéro­ports

Intérêt : désen­gorg­er les lab­o­ra­toires

Le « passe­port sérologique »

La sérolo­gie : ciné­tique des anti­corps, qui appa­rais­sent générale­ment à la fin de la pre­mière semaine (IgM pre­mières à appa­raître).

2 types de tests sont pro­posés :

  • Test rapi­de appelé TROD, disponible notam­ment en phar­ma­cie (résul­tat en 15–20 min­utes), ils ont la par­tic­u­lar­ité de dis­tinguer les IgM, témoins d’une infec­tion récente et les IgG indi­quant une infec­tion anci­enne. Si la sen­si­bil­ité est cor­recte, en revanche la spé­ci­ficité est large­ment insuff­isante. Il y a beau­coup de faux posi­tif (15%), pour les IgM. Les TROD effec­tués en phar­ma­cie ne sont pas pris en charge.
  • Actuelle­ment, nous con­seil­lons de réalis­er les tests rapi­des sur des auto­mates, le résul­tat est disponible dans la journée, et ils sont pris en charge par la CPAM.

Les tests sérologiques, quelle place ?

Les recom­man­da­tions de la HAS sont les suiv­antes :

- En diag­nos­tic ini­tial pour les patients symp­to­ma­tiques graves hos­pi­tal­isés, dont la RT-PCR est néga­tive mais chez qui les symp­tômes clin­iques ou le scan­ner sont évo­ca­teurs d’une COVID-19. 

- En diag­nos­tic de rat­tra­page de patients symp­to­ma­tiques graves hos­pi­tal­isés mais qui n’ont pas eu de RT-PCR dans les sept pre­miers jours

- En diag­nos­tic ini­tial de patients symp­to­ma­tiques sans signes de grav­ité suiv­is en ambu­la­toire dont le test RT-PCR est négatif mais dont le tableau clin­ique est évo­ca­teur. 

- En diag­nos­tic de rat­tra­page de patients symp­to­ma­tiques sans signes de grav­ité suiv­is en ambu­la­toire mais chez qui un test RT-PCR n’a pu être réal­isé avant 7 jours. 

- En diag­nos­tic dif­féré des patients symp­to­ma­tiques sans signes de grav­ité diag­nos­tiqués clin­ique­ment à par­tir du 2 mars 2020 mais n’ayant pas fait l’objet d’une RT-PCR. 

- Chez les pro­fes­sion­nels soignants non symp­to­ma­tiques, en com­plé­ment du dépistage et de la détec­tion de per­son­ne-con­tact par RT-PCR selon les recom­man­da­tions en vigueur, si la RT-PCR est néga­tive (savoir si le per­son­nel hos­pi­tal­ier a fait une Covid par la détec­tion d’IgG )

- Chez les per­son­nels d’hébergement col­lec­tif (étab­lisse­ments soci­aux et médi­co soci­aux, pris­ons, casernes, rési­dences uni­ver­si­taires, inter­nats, …) non symp­to­ma­tiques en com­plé­ment du dépistage et de la détec­tion de per­son­ne-con­tact par RT-PCR selon les recom­man­da­tions en vigueur, si la RT-PCR est néga­tive.  

Les incer­ti­tudes sur l’interprétation de la sérolo­gie

Les anti­corps sont-ils pro­tecteurs ? Les tests immunologiques util­isés ne peu­vent l’affirmer, seuls des tests de cyto­tox­i­c­ité, acces­si­bles à des lab­o­ra­toires de recherche, ont per­mis de met­tre en évi­dence la présence d’anticorps pro­tecteurs.

La baisse du titre d’anticorps, sou­vent con­statée, sig­ni­fie-t-il qu’il y a une dis­pari­tion de l’éventuelle pro­tec­tion ? On con­nait mal actuelle­ment la part des lym­pho­cytes T (immu­nité cel­lu­laire) dans la pro­tec­tion con­tre le SARS-CoV­‑2 et s’il existe des lym­pho­cytes B « mémoires » capa­bles de syn­thé­tis­er très rapi­de­ment des anti­corps en cas de nou­veau con­tact avec le virus.

Con­clu­sion :

  • La PCR est le seul test valide pour le diag­nos­tic d’infection active à COVID
  • La péri­ode d’incubation du COVID, asso­ciée à la sen­si­bil­ité du test, ne per­met pas de garan­tir qu’un sujet ne dévelop­pera pas la mal­adie dans les 3 jours suiv­ants une PCR néga­tive
  • Ces tests, réal­isés en série, au plus tôt sont disponibles en 12 heures. Actuelle­ment, il existe une pénurie mon­di­ale de réac­t­if
  • Les tests antigéniques sont des­tinés au dépistage de masse pour repér­er des por­teurs sains excré­teurs de grosse quan­tité de virus
  • La sérolo­gie est utile comme diag­nos­tic de rat­tra­page et pour « dater » une infec­tion, elle ne per­met pas, à ce jour, d’assurer que le sujet ne fera une nou­velle infec­tion à SARS-CoV­‑2

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